公立醫(yī)院屬于事業(yè)單位，依據我國企業(yè)所得稅法和企業(yè)所得稅法實施條例的規(guī)定，事業(yè)單位也同樣是屬于企業(yè)所得稅納稅義務人。
公立醫(yī)院屬于非營利性醫(yī)療機構，現行的醫(yī)療體制下，公立醫(yī)院的主要收入來源為醫(yī)療服務收入。那么對公立醫(yī)院按照規(guī)定標準收入的醫(yī)療服務收入是否為企業(yè)所得稅免稅收入呢?根據《財政部 國家稅務總局關于醫(yī)療衛(wèi)生機構有關稅收政策的通知》(財稅[2000]42號)規(guī)定：對非營利性醫(yī)療機構按照國家法規(guī)的價格取得的醫(yī)療服務收入，免征各項稅收。不按照國家法規(guī)價格取得的醫(yī)療服務收入不得享受這項政策。醫(yī)療服務是指醫(yī)療服務機構對患者進行檢查、診斷、治療、康復和提供預防保健、接生、計劃生育方面的服務，以及與這些服務有關的提供藥品、醫(yī)用材料器具、救護車、病房住宿和伙食的業(yè)務。從該文件規(guī)定來看，醫(yī)療服務收入免征各項稅收應當包括企業(yè)所得稅，也就是說，非營利性醫(yī)療機構按照國家法規(guī)的價格取得的醫(yī)療服務收入屬于企業(yè)所得稅免稅收入。但從2008年1月1日起實行新企業(yè)所得稅法，根據財稅[2008]1號規(guī)定：除《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》、《中華人民共和國企業(yè)所得稅法實施條例》、《國務院關于實施企業(yè)所得稅過渡優(yōu)惠政策的通知》(國發(fā)[2007]39號)，《國務院關于經濟特區(qū)和上海浦東新區(qū)新設立高新技術企業(yè)實行過渡性稅收優(yōu)惠的通知》(國發(fā)[2007]40號)及本通知規(guī)定的優(yōu)惠政策以外，2008年1月1日之前實施的其他企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策一律廢止。各地區(qū)、各部門一律不得越權制定企業(yè)所得稅的優(yōu)惠政策。財稅[2000]42號顯然是2008年1月1日之前實施的企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策，按照該文件，該項企業(yè)所得稅優(yōu)惠應當自動廢止。
根據《財政部 國家稅務總局關于非營利組織企業(yè)所得稅免稅收入問題的通知》(財稅〔2009〕122號)規(guī)定，從2008年1月1日起，符合條件的非營利組織的下列收入為免稅收入：(一)接受其他單位或者個人捐贈的收入;(二)除《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》第七條規(guī)定的財政撥款以外的其他政府補助收入，但不包括因政府購買服務取得的收入;(三)按照省級以上民政、財政部門規(guī)定收取的會費;(四)不征稅收入和免稅收入孳生的銀行存款利息收入;(五)財政部、國家稅務總局規(guī)定的其他收入。在新企業(yè)所得稅法實施后，財政部、國家稅務總局并未出臺非營利性醫(yī)療機構按照國家規(guī)定的價格取得的醫(yī)療服務收入的企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策，并且《國家稅務總局關于進一步貫徹落實稅收政策促進民間投資健康發(fā)展的意見》(國稅發(fā)[2012]53號)第三條規(guī)定：對非營利性醫(yī)療機構按照國家規(guī)定的價格取得的醫(yī)療服務收入，免征各項稅收(2008年1月1日以后，不包括企業(yè)所得稅)。因此，非營利性醫(yī)療機構按照國家規(guī)定的價格取得的醫(yī)療服務收入屬于企業(yè)所得稅應稅收入，應當依法計算繳納企業(yè)所得稅。
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